Viện Bảo vệ, chăm sóc sức khỏe cán bộ Trung ương: Được thành lập năm 2020.
Viện Chấn thương - Chỉnh hình Quân đội: trực thuộc Bệnh viện TƯQĐ 108 thành lập trên cơ sở phát triển Khoa Chấn thương - Chỉnh hình. Viện gồm có 4 khoa:
Khoa Chấn thương - Chỉnh hình tổng hợp (Khoa B1-A).
Khoa Chấn thương chi trên và Vi phẫu (Khoa B1-B).
Khoa Phẫu thuật khớp (Khoa B1-C).
Khoa Chấn thương chỉnh hình cột sống (khoa B1-D).
Viện Tim mạch Quân đội: trực thuộc Bệnh viện TƯQĐ 108 thành lập trên cơ sở phát triển Khoa Nội Tim mạch. Viện gồm có 3 khoa:
Khoa Nội Tim mạch (Khoa A2-A).
Khoa Phẫu thuật Tim mạch (Khoa A2-B).
Khoa Chẩn đoán và Can thiệp Tim mạch (Khoa A2-C).
Viện Phẫu thuật Tiêu hoá. Viện gồm có 3 khoa:
Khoa Phẫu thuật Ống tiêu hoá (B3-A)
Khoa Phẫu thuật Gan mật tuỵ (B3-B)
Khoa Phẫu thuật Hậu môn Trực tràng (B3-C)
Viện Lâm sàng các bệnh Truyền nhiễm. Viện gồm có 3 khoa:
Khoa bệnh lây theo đường máu (A4-A).
Khoa bệnh lây theo đường tiêu hóa (A4-B).
Khoa bệnh lây đường hô hấp và hồi sức(A4-C)
Trung tâm xạ phẫu CYBERKNIFE: Được thành lập tháng 5 năm 2006.
Trung tâm ứng phó các tình huống khẩn cấp: Được thành lập năm 2020.
Trung tâm Đột quỵ não (A21): Được thành lập ngày 21/5/2002 trên cơ sở tách ra từ khoa Nội thần kinh.
Trung tâm Máy gia tốc CYCLOTRON 30MEV (Khoa C18).
Trung tâm phẫu thuật nội soi.
Khối nội
Khoa Nội Cán bộ (Khoa A1)
Bộ môn - Khoa Nội Tiêu hóa (Khoa A3)
Khoa Lao và bệnh phổi (Khoa A5)
Khoa huyết học lâm sàng (Khoa A6)
Khoa Nội Thần kinh (Khoa A7)
Khoa Da liễu - Dị ứng (Khoa A8)
Khoa Nhi (Khoa A9)
Khoa Y học cổ truyền (Khoa A10)
Khoa Chăm sóc bảo vệ sức khỏe cán bộ Trung ương (Khoa A11)
Bộ môn - Khoa Hồi sức tích cực (Khoa A12)
Khoa Lọc máu (Khoa A14)
Khoa Nội thận (Khoa A15)
Khoa Quốc tế (Khoa A16)
Khoa Y học hạt nhân (Khoa A20)
Khối ngoại
Khoa Ngoại Tiết niệu (Khoa B2)
Khoa Ngoại Tiêu hóa (Khoa B3)
Khoa Ngoại Lồng ngực (Khoa B4)
Khoa Gây mê hồi sức (Khoa B5)
Khoa Ngoại Thần kinh (Khoa B6)
Khoa Mắt (Khoa B7)
Khoa Phẫu thuật Hàm mặt và Tạo hình (Khoa B8)
Khoa Tai Mũi Họng (Khoa B9)
Khoa Răng miệng (Khoa B10)
Khoa Phụ sản (Khoa B11)
Khối cận lâm sàng
Khoa khám bệnh Đa khoa - Chuyên khoa (Khoa C1-1)
Khoa Khám bệnh - Quản lý sức khỏe cán bộ cao cấp (Khoa C1-2)
Khoa Cấp cứu ban đầu (Khoa C1-3)
Khoa Huyết học (Khoa C2)
Khoa Sinh hóa (Khoa C3)
Khoa Vi sinh vật (Khoa C4)
Khoa Giải phẫu bệnh lý (Khoa C5)
Khoa Vật lý trị liệu - Phục hồi chức năng (Khoa C6)
